Во время половодья мальчик Витя, от лица которого ведётся повествование, заболевает малярией. Бабушка старается его вылечить, произнося молитвы от различных недугов, обрызгивая святой водой, применяя травы и порошки из города, а также заговоры на сухую осину. Несмотря на эти усилия, болезнь не отступает. Тогда тётка неожиданно выливает Вите за шиворот ковш ледяной воды, чтобы «выпугнуть» лихорадку. После этого приступы лихорадки учащаются и становятся более интенсивными, проявляясь не только утром и вечером, но и ночью. Бабушка поит мальчика хиной, из-за чего у Вити ухудшается слух, и он словно замыкается в себе.

Витя находит укромное место в углу огорода за сеновалом, где раньше стояли старые телеги и сани, убранные дедом. Освобождённую землю покрывает трава-ползунок. Там мальчик проводит всё лето, играя в своём «тайном уголке». Иногда к нему прилетает мухоловка, но её гнездо разоряет кошка, съевшая птенцов.

Позднее Витя находит за баней росток и высаживает его в своём укромном месте, мечтая о большом цветущем дереве. Однако бабушка отмечает, что это дикая гречка. Разочарованный, мальчик перестаёт посещать это место. К тому времени он уже начинает выздоравливать, и бабушка разрешает ему выходить на улицу.

Осенью бабушка приносит из леса корзину с травами, среди которых Витя обнаруживает росток лиственницы. Вместе с бабушкой они выкапывают большую яму за сеновалом, наполняют её навозом и чёрной землёй, после чего сажают росток. Витя вновь начинает мечтать и постоянно задаёт бабушке вопрос о том, когда вырастет его дерево, на что она отвечает, что деревья растут для всех.