В день праздника Вознесения около трёх часов пополудни через Чёрные ворота в Дрездене спешил молодой студент Ансельм. Он случайно опрокинул большую корзину с яблоками и пирожками, принадлежащую уродливой старухе-продавщице, после чего отдал ей свой скудный кошелёк. Старуха схватила его и начала проклинать, угрожая словами: «Попадёшь под стекло, под стекло!» Под насмешки прохожих Ансельм свернул на уединённую дорожку вдоль Эльбы и стал жаловаться на свою бесперспективную жизнь.

Его монолог прервал странный звук, доносившийся из куста бузины — звенели хрустальные колокольчики. Посмотрев вверх, Ансельм увидел три изящных золотисто-зелёных змейки, обвивших ветви. Одна из них нежно взглянула на него своими темно-голубыми глазами, вызвав у студента одновременно возвышенное блаженство и глубокую печаль. В этот момент раздался грубый голос, и змейки внезапно скрылись в Эльбе.

В отчаянии Ансельм обнял ствол бузины, пугая прохожих своими странными речами. Услышав насмешки, он пришёл в себя и побежал прочь. Его окликнули друзья — регистратор Геербранд и конректор Паульман с дочерьми. Конректор пригласил Ансельма прокатиться на лодке по реке и завершить вечер ужином в своём доме. Молодой человек осознал, что золотые змейки были лишь отражением фейерверка в листве, однако то странное чувство всё ещё сжимало его сердце.

Во время прогулки Ансельм чуть не перевернул лодку, выкрикивая непонятные слова о змейках, из-за чего все решили, что он не в себе, что объяснялось его бедностью и неудачами. Геербранд предложил ему за хорошее вознаграждение устроиться писцом к архивариусу Линдгорсту, который искал талантливого каллиграфа и рисовальщика для копирования манускриптов. Ансельм обрадовался, так как его страстью было именно мастерство письма.

На следующий день Ансельм, нарядившись, направился к дому Линдгорста. Когда он взялся за дверной молоток, бронзовое лицо, украшавшее дверь, превратилось в образ той самой старухи с яблоками. Ужас охватил студента, и он позвонил в звонок. В его звуке прозвучали зловещие слова: «Быть тебе уж в стекле, в хрустале». Шнурок звонка опустился, превратившись в белую прозрачную змею, которая сжала Ансельма, ранив его до крови. После прикосновения раскалённого языка змеи он потерял сознание и очнулся в своей бедной комнате под присмотром конректора Паульмана.

После этого случая Ансельм не решался вновь подойти к дому Линдгорста. Убедить его друзья не смогли, и он был признан душевнобольным. Регистратор полагал, что работа у архивариуса поможет студенту. Для знакомства Ансельма с Линдгорстом регистратор устроил их встречу в кофейне.

В тот вечер Линдгорст поведал историю об огненной лилии, появившейся в первозданной долине, и юноше Фосфоре, в которого лилия влюбилась. Поцелуй Фосфора вызвал её превращение в яркое пламя, из которого вышло новое существо, улетевшее прочь. Фосфор оплакивал потерю, когда чёрный дракон поймал существо, вернув его в образ лилии, чья любовь стала источником боли и увядания вокруг. После борьбы с драконом лилия стала царицей долины. Линдгорст утверждал, что происходит из той долины и является потомком огненной лилии, объявляя себя принцем, что тронул душу Ансельма.

Каждый вечер студент приходил к тому же кусту бузины, обнимал его и с тоской восклицал о любви к змейке, опасаясь её утраты. В один из таких вечеров к нему подошёл Линдгорст. Ансельм рассказал о последних необычных событиях, а архивариус признался в любви к младшей дочери — Серпентине, одной из трёх змей. Он вручил студенту волшебную жидкость, защищающую от старухи, и затем превратился в коршуна, улетев.

Дочь конректора Паульмана, Вероника, узнав о возможном назначении Ансельма надворным советником, мечтала стать его супругой. Во время своих грёз она услышала жуткий голос, предрекавший, что он не станет её мужем.

Вероника обратилась к известной гадалке фрау Рауэрин, которая посоветовала оставить Ансельма, назвав его дурным человеком, связанным с её врагом — злым стариком, влюблённым в его дочь-змейку. Гадалка превратилась в няньку Вероники — Лизу, обещавшую помочь вылечить Ансельма от чар злого колдуна. Для этого девушка должна была прийти к ней в ночь будущего равноденствия, что вселило надежду.

Ансельм приступил к работе у Линдгорста, получив необычные материалы — чёрную массу вместо чернил, странные перья и белоснежную бумагу для копирования арабского манускрипта. С каждым словом его смелость и мастерство росли, а присутствие Серпентины ощущалось особенно сильно. Архивариус объяснил, что это испытание приведёт студента к счастью.

В холодную ночь равноденствия гадалка привела Веронику в поле, развела огонь под котлом и бросила в него странные предметы, включая локон и кольцо девушки. Ведьма велела не отрывать взгляда от варева. Вдруг из котла вышел Ансельм и протянул Веронике руку. Старуха открыла кран котла, и расплавленный металл потёк в форму. Голос приказал старухе удалиться, она упала без сознания, а Вероника очнулась дома с серебряным зеркальцем в кармане, в котором отражался образ её возлюбленного.

Дни шли, и Ансельм продолжал работу, ощущая присутствие Серпентины, которая однажды явилась и рассказала о своём отце — Саламандре, происходящем из племени огненных духов. Он влюбился в зелёную змейку, дочь лилии из сада князя духов Фосфора. Змейка распалась в пепел, из которого возникло крылатое существо, улетевшее прочь. В отчаянии Саламандр опустошил сад огнём, но Фосфор потушил пламя и превратил его в человека, сохранив дар, который снимется, когда найдутся юноши, полюбившие трёх дочерей и получившие в приданое Золотой горшок. В момент обручения из горшка вырастет огненная лилия, и молодые смогут жить в Атлантиде вместе с прощённым Саламандром. Серпентина предупредила Ансельма о вражде старухи-ведьмы, которая стремится завладеть горшком, и поцеловала его, причинив боль. После пробуждения студент обнаружил, что рассказ запечатлён на копии манускрипта.

Хотя душа Ансельма была предана Серпентине, он иногда думал о Веронике, которая стала появляться в его снах и овладевать его мыслями. Однажды он провёл день в доме Паульмана, где увидел волшебное зеркальце и вместе с Вероникой стал в него смотреться. Внутренний конфликт разрешился признанием любви к Веронике, и Ансельм пообещал жениться на ней.

После обеда регистратор Геербранд пришёл с припасами для пунша. С первым глотком в памяти Ансельма вновь всплыли чудеса, и он стал вслух мечтать о Серпентине. В ответ Линдгорст и Геербранд начали выкрикивать призывы в честь Саламандра и проклятья старухи. Вероника пыталась их убедить в силе Лизы, но безуспешно. В ужасе Ансельм убежал в свою комнату и уснул. Проснувшись, он вновь мечтал о браке с Вероникой, уже не находя привлекательности в саду архивариуса и самом Линдгорсте.

На следующий день студент продолжил работу, но рукопись казалась ему покрытой непонятными закорючками. При попытке скопировать букву он нечаянно капнул чернилами на пергамент. Из пятна вылетела голубая молния, и в тумане появился Линдгорст, сурово наказавший Ансельма. Архивариус запер его в одну из хрустальных банок, стоявших на столе, где поместились также трое школяров и двое писцов, когда-то служивших Линдгорсту. Они насмехались над Ансельмом, называя его безумцем, который воображает себя сидящим в склянке, хотя стоит на мосту и смотрит в реку. Юноша отвернулся от насмешек и направил все мысли к Серпентине, которая продолжала любить его и пыталась облегчить его участь.

Внезапно Ансельм услышал ворчание и узнал в старом кофейнике голос ведьмы. Она пообещала освобождение в обмен на брак с Вероникой, но студент гордо отказался. Тогда старуха схватила Золотой горшок и попыталась убежать, но Линдгорст догнал её. В следующем мгновении разгорелась смертельная схватка, из которой победителем вышел архивариус, а ведьма превратилась в отвратительную свёклу. В этот момент перед Ансельмом явилась Серпентина, сообщившая о дарованном прощении. Стекло треснуло, и он упал в объятия возлюбленной.

На следующий день Геербранд и Паульман не могли понять, как простой пунш довёл их до такого состояния. Они решили, что виноват Ансельм и его безумие. Спустя месяцы, в день рождения Вероники, в дом Паульмана пришёл новый надворный советник Геербранд и предложил девушке руку и сердце. Она согласилась и рассказала ему о своей любви к Ансельму и о колдунье. Через несколько недель госпожа советница Геербранд поселилась в роскошном доме на Новом рынке.

Архивариус Линдгорст направил автору письмо с разрешением обнародовать историю странной судьбы его зятя — бывшего студента и ныне поэта Ансельма, а также пригласил завершить повествование о Золотом горшке в зале своего дома, где трудился студент. Ансельм обручился с Серпентиной в прекрасном храме, вдохнул аромат лилии, выросшей из Золотого горшка, и обрёл вечное счастье в Атлантиде.